在一列从东京开往大阪的特快列车上，坐着一位尊贵而特殊的客人。她是来自欧洲英格拉姆帝国女王莎莉贝丝，随行的还有其年幼的儿子菲利浦王子。女王拥有一颗欧洲最大的宝石——水晶之母，这也引起了怪盗基德的注意。为了防止基德得手，女王身边布置大批保镖和警力。中森警官是日本警方的总代表，而他的女儿青子以及基德的真身快斗也同在这列火车之上。
眼看离预定时间越来越近，快斗却始终没有找到宝石真正的藏匿地点。与此同时，国际宝石大盗杰卡尔和罗丝也尾随前来，他们企图在基德得手之际趁火打劫。同在火车上的柯南从伪装成乘务员的罗丝身上看出蹊跷。一场宝石的攻防战随即展开……
入野自由 坂本真绫 日野聪 松冈祯丞 日笠阳子 藤原启治 茅野爱衣 甲斐田裕子 森久保祥太郎 川田绅司 早见沙织 东山奈央 高森奈津美 濑户麻沙美 小松未可子 松风雅也 寺岛拓笃 伊濑茉莉也 菅生隆之 立木文彦 子安武人 武虎 石原夏织 能登麻美子 柚木凉香 皆川纯子 岛崎信长 井口祐一 花江夏树 小野友树 石川界人 室元气 逢坂良太 樱井孝宏 福山润