创圣纪0011年的地球，由于11年前的大异变，人类丧失了2/3的人口。
南极冰山溶化，1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市，捕获人类，摄取生体能源「Purana」。
另一方面，人类决心反击，从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体，「机械天使Aquarion」即将现身。
要启动Aquarion，需要能与机体的机械生命感应和共鸣，称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂，因此十五岁左右的少年少女们被选为机师，集中起来。
而后，「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…
菲鲁兹·蓝 内山昂辉 户松遥 榎木淳弥 立花慎之介 绿川光 森川智之 井上喜久子 游佐浩二 安元洋贵 关俊彦 小野大辅 永冢拓马 下野纮 铃木崚汰 诹访部顺一 市道真央 石上静香