在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。
数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
日野聪 原由实 上坂堇 加藤英美里 内山夕实 三宅健太 加藤将之 千叶繁 五十岚裕美 沼仓爱美 佐仓绫音 村瀬步 谷育子 雪野五月 兴津和幸 花江夏树 田村睦心 竹内良太 悠木碧 稻叶实 渡边明乃 游佐浩二 绫濑有 高野麻里佳 樱井透 利根健太朗 西山宏太朗 滨添伸也 真木骏一 宫泽清子 山本兼平 立花慎之介 后藤邑子 宫野真守
竹内顺子 中村千绘 森川智之 筱原惠美 伊仓一惠 松本保典 井上和彦 江原正士 关俊彦 杉山纪彰 日野聪 森久保祥太郎 伊藤健太郎 柚木凉香 鸟海浩辅 水树奈奈 川田绅司 增川洋一 远近孝一 田村由香里 胜生真沙子 根本圭子 福田信昭 中村大树 藤生圣子 石川英郎 飞田展男 川本克彦 檀臣幸 寺杣昌纪 土师孝也 中博史 樱井敏治 朝仓荣介 松本忍 宫下典子 织部由香里 大塚芳忠 玄田哲章 内田直哉
竹内顺子 中村千绘 日野聪 小山力也 福田信昭 滨田贤二 根本圭子 早见沙织 冬马由美 小林优子 泷本富士子 田村睦心 牧口真幸 岩崎了 远藤大智 高桥英则 大友龙三郎 胜生真沙子 大塚芳忠 柴田秀胜 森川智之